مطالعه میانکنش چندنوع پپتید ضدمیکروبی با غشاهای مدل به کمک شبیه سازی های دینامیک مولکولی

شبیه سازی پپتیدهای ضدمیکروبی در محیط غشاء به خاطر اهمیت محیط دولایه لیپیدی در عمل این پپتیدها و همچنین مشکل بودن دست یابی به جزئیات مکانیسم عمل آنها با روش های دیگر بسیار مورد توجه می باشد. در این پایان نامه چگونگی برهمکنش پپتید ضدمیکروبی pis-1 و دو آنالوگ آن (pis-1 aa و pis-1 pg) با غشاء دو لایه دی پالمیتویل فسفاتیدیل کولین (dppc) با روش شبیه سازی دینامیک مولکولی بررسی شد. نتایج شبیه سازی ها ما را از جهت و مکان دقیق پپتیدها نسبت به دو لایه آگاه کرده و همچنین اطلاعاتی را راجع به الگوی تشکیل پیوند هیدروژنی و برهمکنش الکتروستاتیک فراهم کردند. نتایج حاصل نشان دادند کهpis-1 و pis-1 aaبیشترین پیوند هیدروژنی و pis-1 pg کمترین پیوند هیدروژنی را با غشاء تشکیل می دهند. بنابراینpis-1 و pis-1 aa برهمکنش قوی تری را نسبت به pis-1 pg با غشاء داشتند. مطالعات تجربی قبلی نشان داده اند کهpis-1 و pis-1 aaفعالیت ضدمیکروبی و همولیتیکی بالایی دارند و pis-1 pg فعالیت همولیتیکی پایینی را نشان می دهد در حالی که فعالیت ضدمیکروبی خود را حفظ می کند. نتایج ما مطالعات تجربی قبلی را تکمیل کردند. مطابق با نتایج شبیه سازی ها و مطالعات تجربی قبلیpis-1 و pis-1 aa در غشاء دو لایه زویترونیک در مقایسه با pis-1 pg موثرتر بودند. این ویژگی pis-1 pg، آن را نامزد مناسبی برای طراحی پپتیدهای آنتی بیوتیکی با خاصیت همولیتیکی پایین قرار می دهد.